在上古时期,仙界的元(yuán )始天尊和灵宝天尊为(wéi )了发展自己的势力,各(gè )自成立了阐教和截教(jiāo ),并在人界传道布教,扶持代理人。很快(kuài ),双方人马便爆发冲突(tū ),几千年来一(yī )直摩擦不(bú )断,终于在人(rén )界引起一(yī )场旷世大战(zhàn ),俗称“封神(shén )之战”。封神之(zhī )战,阐教势(shì )力大获全胜(shèng ),但是元始(shǐ )天尊的终极(jí )神器“打神(shén )鞭”却在战后(hòu )销声匿迹(jì ),再无音讯。3000年后,“打神鞭(biān )”的下落重现于世,线索(suǒ )直指人间,为了找到“打(dǎ )神鞭”,阐教势力在人间(jiān )成立了“特殊事件管理局”(特管局)。特管局的成立并没有(yǒu )表面看上去那么简单(dān ),似乎隐藏着(zhe )巨大的阴(yīn )谋。而截教的(de )残余势力(lì )也成立了“造(zào )神研究所(suǒ )”,暗地里勾结(jié )妖界,研究(jiū )人妖结合的(de )终极力量(liàng ),只为东山再(zài )起。《三魂纪(jì )》的故事序幕由此展开(kāi )。